Fen Bilimleri Enstitüsü’nde lisansüstü öğrenciler için geniş bir yelpazede finansal yardım ve burs olanakları ve paketleri bulunmaktadır. Bunlar arasında Koç Üniversitesi tarafından finanse edilen “KU Lisansüstü Bursu” ile TÜBİTAK, AB, Endüstri Projeleri ve Koç Üniversitesi gibi dış kaynaklar tarafından ortak olarak finanse edilen “Proje Bursları” bulunmaktadır.